冷藏集裝箱根據制冷方式分類：
(1)外置式
無制冷裝置，箱體隔熱結構良好，箱端處有軟管連接器，可與船上或陸上冷凍站的制冷裝置連接，供給箱體冷源。
(2)內藏式
箱體設有制冷裝置，由船上或陸上電源供電，或自備發電機供制冷裝置運行使用，以保證向集裝箱供冷。
(3)冷凍板冷藏集裝箱
利用冷凍板低溫共晶溶液進行蓄冷并向集裝箱提供冷源。
(4)液氮或干冰冷藏集裝箱
利用液氮噴淋或干冰向集裝箱提供冷源。
(5)氣調冷藏集裝箱
利用控制集裝箱內空氣中的氧、二氧化碳和乙烯等氣體的濃度，抑制果蔬的呼吸和催熟作用，并把向內溫度降至所需貯藏溫度的一種特種冷藏集裝箱。